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产品介绍

细菌基因组测序,可分为细菌基因组扫描、细菌基因组完成图、细菌基因组重测序和三代HiFi reads细菌基因组完成图

细菌基因组扫描,即通过高通量测序技术,对已有参考基因组或无参的细菌样本进行测序,获得细菌基因组框架图的研究。并可基于细菌基因组框架图开展基因功能注释、比较基因组学及泛基因组研究。

细菌基因组完成图测序,即从头测序是指不需要任何现有的序列信息就可以对某个细菌物种进行测序,利用生物信息学分析手段对序列进行拼装,从而获得该细菌物种的基因组序列。并可基于细菌基因组完成图开展基因功能注释、比较基因组学及泛基因组研究。

HiFi细菌基因组完成图测序,即利用PacBio HiFi测序模式对某细菌物种进行基因组de novo组装,从而获得该细菌物种的完整基因组序列,0N 0 Gap,完成图高品质交付,包含所有质粒序列。同时可基于细菌基因组完成图开展基因功能注释、比较基因组学及泛基因组研究。

三代PacBio平台有CLRHiFi两种测序模式。CLR测序模式称为超长测序模式(插入片段30Kb以上),产生的数据是基于单循环测序的结果;但是它的准确性会低一些,而HiFi是准确度超过Q20>99%),这个准确性可以跟二代测序相媲美,并且还能兼顾超过10Kb,甚至可达20Kb的长读长测序模式。

HiFi测序模式下,酶读长与CLR测序模式相当甚至更长(超过100Kb),但插入片段只有10-20Kb,因此测序时酶会绕着DNA模板(插入片段)进行滚环测序,进而可得到高准确度的HiFi Reads


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   图 HiFi与CLR技术原理、读长与准确性的比较   

细菌基因组重测序,基于已知参考基因组的细菌物种进行高通量测序研究,一般重点关注基因组变异(SNPInDel等)情况,亦可进行群体研究。可关注大量的单核苷酸多态性位点(SNP)、插入缺失(InDel, Insertion/Deletion)、结构变异(Structure VariationSV)等变异信息。

细菌基因组测序可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制,已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制、关键功能基因的重要工具。


技术优势

古天乐太阳娱乐集团tyc493细菌基因组完成图项目,业内率先提出0N0gap交付指标,并可实现多质粒细菌的质粒基因组研究、针对多质粒、异常GC含量及较大(genome size >=6Mb)的细菌基因组提供高水平交付,并可提供比较基因组学、泛基因组学等多层次深入研究个性化解决方案,是您细菌基因组研究的不二之选。


fd675f638ceb2b9f35e70e929a0a76bb.png   HiFi完成图项目优势

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技术策略


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细菌基因组扫描/重测序

细菌基因组完成图

HiFi reads细菌基因组完成图

测序

策略

Illumina PE150 1Gb

Illumina PE150 2Gb+

三代(100x)

PacBio HiFi100x

结果

特点

可获得基因组草图并开展多数据库注释、比较基因组等研究。

GC%正常范围(35%~65%)的细菌基因组,实现0N0gap技术指标;可交付菌体中的质粒基因组;

可承接GC含量异常、较大(6M以上)细菌基因组及链霉菌等较高研究难度的项目。



技术流程




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   细菌基因组扫描项目分析流程   


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   微生物基因组完成图组装纯三代   


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   微生物基因组完成图组装2代+3代   



送样要求

提供单菌菌体样本:菌体液体培养至对数期OD6000.6-0.8,收集菌体3-5ml1.5ml离心管低温4度离心,弃上清,保留管底菌体。将离心管封口,立即液氮速冻,-80℃保存,干冰送至实验室。

2023310 注意事项

  • 不建议送平板和带液体培养基的,如有需求,请提前和实验室沟通。

  • 一定是生长对数期的菌体;

  • 细菌得率有高有低,细菌是经常提取不成功的一类物种,很大原因是菌体量过少。




项目经验:细菌种属

细菌
百度
细菌百度细菌百度

Burkholderiaceae bacterium

伯克霍尔德菌科

细菌

Sphingobacterium thalpophilum

嗜温

鞘氨醇杆菌

Comamonas thiooxydans

硫氧合胞菌

Achromobacter xylosoxidans

木糖氧化无色杆菌

Sphingomonas yabuuchiae

鞘氨醇单胞菌

Enterobacter sp.

肠杆菌属

Acinetobacter soli

孤立不动杆菌

Staphylococcus hominis

人葡萄球菌

Formosa sp.

福尔摩沙属

Acinetobacter baumannii

鲍曼不动杆菌

Stenotrophomonas nitritireducens

还原亚硝酸盐寡养单胞菌

Gammaproteobacteria bacterium

γ-变形杆菌

Comamonadaceae bacterium

Comamonadaceae细菌

Stenotrophomonas maltophilia

嗜麦芽

窄食单胞菌

GeneID Ident-rate

基因识别率

Klebsiella pneumoniae

肺炎克雷伯菌

Streptomyces sp.

链霉菌属

Gluconacetobacter diazotrophicus

醋杆菌

Acinetobacter tandoii

坦多不动杆菌

Streptomyces bacillaris

杆菌状链霉菌

Glycocaulis alkaliphilus

嗜碱乙醇菌

Acinetobacter bereziniae

贝氏不动杆菌

Streptomyces albus

白色链霉菌

Gordonia sp.

戈登尼亚属

Acinetobacter oleivorans

食油不动杆菌

Streptomyces griseus

灰色链霉菌

Janthinobacterium sp.

简氏杆菌属

Acinetobacter gyllenbergii

吉伦伯格不动杆菌

Bacillus

芽孢杆菌

Klebsiella aerogenes

产气克雷伯菌

Acinetobacter johnsonii

约翰逊不动杆菌

Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum

胡萝卜软腐病克雷伯菌

Labrenzia aggregata

聚合拉宾齐亚

Acinetobacter kookii

库氏不动杆菌

Pseudomonas

假单胞菌

Lactobacillus crispatus

脆乳杆菌

Acinetobacter pittii

皮特不动杆菌

Morganella morganii

摩氏摩根菌

Lactobacillus iners

惰性乳杆菌

Advenella kashmirensis

克什米尔小陌生菌

Streptococcus suis

猪链球菌

Lactobacillus reuteri

罗伊氏乳杆菌

Paenarthrobacter nicotinovorans

烟碱型白头翁

Xanthomonas oryzae pv. oryzae

稻黄单胞菌

Lactococcus sp.

乳球菌属

Arthrobacter silvisoli

硅氏节杆菌

Paenibacillus validus

强壮类

芽孢杆菌

Marinobacter sp.

海洋杆菌属

Arthrobacter nitrophenolicus

硝基酚节杆菌

Bacillus subtilis

枯草芽孢杆菌

Marinoscillum sp.

水藻属

Pseudarthrobacter phenanthrenivorans

菲氏拟杆菌

Nocardiopsis

拟诺卡氏菌

Microbacterium lacticum

乳酸微生物

Glutamicibacter nicotianae

烟草谷氨酸杆菌

Marinactinospora thermotolerans

耐高温

海洋辐射孢

Microbacterium testaceum

遗嘱微生物

Pseudarthrobacter equi

马拟杆菌

Microvirga

微小杆菌

Micromonospora aurantiaca

金黄色小单孢菌

Paenarthrobacter ureafaciens

脲醛酸杆菌

Rhodobacteraceae bacterium

红细菌科细菌

Micromonospora citrea

柠檬小单孢菌

Bacillus velezensis

贝莱斯芽孢杆菌

Alcanivorax

食碱菌属

Micromonospora rosaria

玫瑰小单孢菌

Bacillus megaterium

巨大芽孢杆菌

Streptococcus equinus

马氏链球菌

Muricauda aquimarina

木里卡乌达

Bacillus koreensis

koreensis芽孢杆菌

Sphingomonas elodea

鞘氨醇单胞菌

Natronohydrobacter thiooxidans

氧化硫

自然氢杆菌

Bacillus pseudomycoides

假蕈状芽孢杆菌

Sulfitobacter pontiacus

庞蒂亚克

亚硫酸盐杆菌

Nitratireductor soli

硝酸还原剂

Bacillus taxi

芽孢杆菌出租车

Staphylococcus

葡萄球菌

Nocardia seriolae

系列诺卡氏菌

Bacillus shackletonii

沙克尔顿芽孢杆菌

Mannheimia haemolytica

溶血性

曼氏杆菌

Nocardiopsis alba

阿尔巴诺卡氏病

Bordetella petrii

彼得里鲍特氏菌

Mycolicibacterium

分枝杆菌

Nocardiopsis valliformis

valliformis

无心脏病

Brevibacillus parabrevis

类短短芽孢杆菌

Bacillus licheniformis

地衣芽孢杆菌

Olleya marilimosa

玛丽利莫萨

Brevundimonas diminuta

缺陷短波单胞菌

Edwardsiella piscicida

杀鱼

爱德华氏菌

Pantoea agglomerans

聚泛菌

Burkholderia cepacia

洋葱伯克霍尔德菌

Vibrio harveyi

哈维氏弧菌

Pantoea conspicua

共同盘虫

Chryseobacterium arthrosphaerae

关节球温杆菌

Yersinia pestis

鼠疫

耶尔森氏菌

Paracoccus sp.

副球菌属

Chryseobacterium cucumeris

库库米氏克里斯

杆菌

Bacillus safensis

安全芽孢杆菌

Pasteurella multocida

多杀性巴氏杆菌

Chryseobacterium indologenes

产吲哚金黄杆菌

Escherichia coli

沙福芽胞杆菌

Pseudoalteromonas issachenkonii

伊萨琴科尼

假交替单胞菌

Chryseobacterium hispalense

hispalense间歇

杆菌

Enterobacter hormaechei

霍氏肠杆菌

Pseudomonas aeruginosa

铜绿假单胞菌

Chryseobacterium rhizoplanae

根平面Chryseobacterium

Candidatus Streptomyces philanthi

费城念珠菌

Pseudomonas fulva

黄假单胞菌

Cupriavidus taiwanensis

台湾贪铜菌

Raoultella

柔特勒菌属

Pseudomonas plecoglossicida

变形假单胞菌

Cupriavidus necator

杀虫贪铜菌

Flammeovirga

火烈鸟属

Pseudomonas sp.

假单胞菌属

Cupriavidus pinatubonensis

松管锥牙形石

Streptomyces

链霉菌

Pseudomonas syringae

丁香假单胞菌

Curtobacterium citreum

柠檬色短小杆菌

Stenotrophomonas

寡养单胞菌

Rhodococcus erythropolis

红球菌

Delftia acidovorans

食酸戴尔福特菌

Acinetobacter

不动杆菌

Rhodococcus pyridinivorans

吡啶类红球菌

Delftia tsuruhatensis

戴尔福特菌

Pantoea dispersa

分散泛菌

Rhodophyticola porphyridii

卟啉红藻

Empedobacter brevis

短稳杆菌

Klebsiella

克雷伯氏菌

Riemerella anatipestifer

鸭疫里氏杆菌

Flavobacteriaceae bacterium

黄杆菌科细菌

Rhizobiales

根瘤菌

Shigella sp.

志贺菌属

Ensifer adhaerens

粘着剑菌

Avibacterium

阿维杆菌

Sphingobium

鞘脂菌属

Enterobacter kobei

神户肠杆菌

Salmonella

沙门氏菌

Staphylococcus aureus

金黄色葡萄球菌

Enterobacter ludwigii

路德维希肠杆菌

Escherichia

埃希氏菌

Staphylococcus epidermidis

表皮葡萄球菌

Enterobacter cloacae

阴沟肠杆菌

Rhodanobacter sp.

产黄杆菌属

Streptococcus iniae

微小链球菌

Falsibacillus pallidus

白色假芽孢杆菌

Microbacterium sp.

微杆菌属

Streptomyces malaysiensis

马来西亚链霉菌

Kluyvera georgiana

佐治亚克吕沃尔菌

Enterococcus faecium

粪肠球菌

Streptomyces nanshensis

南深链霉菌

Flavobacterium anhuiense

安徽黄杆菌

Burkholderia pseudomallei

类鼻疽

伯克霍尔德菌

Suid alphaherpesvirus

绥德甲型疱疹

病毒

Flavobacterium ginsenosidimutans

变形人参黄杆菌

Alcaligenes faecalis

粪产碱杆菌

Sulfitobacter sp.

硫杆菌属

Flavobacterium johnsoniae

约翰逊黄杆菌

Mycolicibacterium austroafricanum

澳大利亚

分枝杆菌

unclassified Sphingomonas

未分类鞘氨醇

单胞菌

Flavobacterium tangerina

唐氏黄杆菌

Pseudonocardia alni

阿尔尼假诺卡氏菌

Vibrio cholerae

霍乱弧菌

Herbaspirillum seropedicae

草螺菌

Lactobacillus amylovorus

食淀粉乳杆菌

Vibrio parahaemolyticus

副溶血性弧菌

Klebsiella michiganensis

密歇根克雷伯氏菌

esulfovibrio sp.

硫磺虫属

Xanthomonas oryzae

米黄色单胞菌

Klebsiella variicola

变异克雷伯氏菌

Yersinia intermedia

中间

耶尔森氏菌

Deinococcus xianganensis

西安地球菌

Kosakonia cowanii

考氏科萨克氏菌

Mycoplasma bovis

牛型支原体

Empedobacter falsenii

假空杆菌

Kosakonia pseudosacchari

假糖霜科萨科尼亚

Pantoea stewartii

Stewart虫

Sphingobium sp001658005

鞘氨醇菌属001658005

Lysinibacillus xylanilyticus

解木糖赖氨酸芽胞杆菌

Flavobacterium sp.

黄杆菌属

Flavobacterium sp002786385

黄杆菌属002786385

Lysinibacillus sphaericus

球形赖氨芽孢杆菌

Pseudomonas guariconensis

瓜尔康假单胞菌

Cupriavidus yeoncheonensis

yeoncheonensis铜牙形石

Microbacterium hydrocarbonoxydans

氯化烃微杆菌

Arthrospira sp.

节螺旋体属

Lactiplantibacillus plantarum

植物乳杆菌

Microbacterium laevaniformans

产果聚糖微杆菌

Ewingella americana

美洲爱文氏菌

Weissella confusa

混淆韦塞拉

Microbacterium hydrothermale

微生物水热

Gordonia

戈登尼亚

Micrococcus luteus

黄体微球菌

Microbacterium gorillae

大猩猩微杆菌

Lactobacillus equi

马乳杆菌

Staphylococcus capitis

头葡萄球菌

Ochrobactrum pseudogrignonense

假格里朗苍白杆菌

Enterococcus sp.

肠球菌属

Stenotrophomonas sp.

狭窄单胞菌属

Ochrobactrum anthropi

人苍白杆菌

Nitratireductor aquibiodomus

硝酸还原酶

Pseudomonas parafulva

副硫化假单胞菌

Serratia marcescens

粘质沙雷氏菌

Lysobacter sp.

溶杆菌属

Pseudomonas nitroreducens

硝基还原

假单胞菌

Pseudomonas fluorescens

荧光假单胞菌

Shewanella sp.

谢瓦尼拉属

Bacteroides fragilis

脆弱拟杆菌

Pseudomonas kilonensis

千年假单胞菌

Shewanella putrefaciens

腐烂谢瓦氏菌

Zobellella denitrificans

反硝化Zobellella

Paenibacillus rhizosphaerae

根球拟青霉

Pseudomonas reinekei

莱茵假单胞菌

Pseudopropionibacterium propionicum

丙酸假丙酸杆菌

Paenibacillus xylanilyticus

棉花内生拮抗菌

Streptomyces olivaceus

橄榄色链霉菌

Nitratireductor sp.

硝酸还原菌属

Paenibacillus amylolyticus

解淀粉类芽孢杆菌

Bordetella pertussis

百日咳

博德特氏菌

Gilvimarinus chinensis

中国金针菇

Paraburkholderia sacchari

糖霜

副伯克霍尔德菌

Salmonella enterica

肠炎沙门氏菌

Rickettsia sp.

立克次体属

Paraburkholderia phenoliruptrix

蔗糖

伯克霍尔德氏菌

Lactococcus garvieae

格氏乳球菌

Streptomyces carminius

胭脂红链霉菌

Providencia alcalifaciens

碱性普罗维登氏菌

Weissella cibaria

西巴里氏

威塞拉

Plasticicumulans acidivorans

酸性塑性积云

Providencia rettgeri

雷氏普罗维登氏菌

Ralstonia solanacearum

青枯菌

Gordonia alkanivorans

登氏菌

Pseudomonas protegens

假单胞菌蛋白酶

Leclercia adecarboxylata

阿德羧酸勒克莱尔

Burkholderia gladioli

唐菖蒲

伯克霍尔德菌

Pseudomonas monteilii

蒙特氏假单胞菌

Acinetobacter radioresistens

抗辐射

不动杆菌

Marinobacter salarius

salarius海洋杆菌

Pseudomonas thivervalensis

赛维瓦尔假单胞菌

Acinetobacter sp.

不动杆菌属

Paraburkholderia caribensis

加勒比

副伯克霍尔德菌

Pseudomonas vranovensis

弗拉诺夫假单胞菌

Aeromonas veronii

veronii

气单胞菌

Aeromonas salmonicida

沙门氏气单胞菌

Rhodococcus hoagii

霍氏红球菌

Arthrobacter sp.

节杆菌属

Pseudomonas aeruginosa

铜绿假单胞菌

Pseudomonas brassicacearum

油菜假单胞菌

Arthrospira platensis

高原节螺旋体

Joostella marina

菊芋

Pseudomonas frederiksbergensis

弗雷德里克斯堡

假单胞菌

Avibacterium paragallinarum

是由

副鸡禽杆菌

Pandoraea sp.

Pandoraea属

Pseudomonas koreensis

韩国假单胞菌

Bacillus albus

白色芽孢杆菌

Cloacibacterium normanense

诺曼克隆杆菌

Pseudomonas putida

普提假单胞菌

Bacillus cereus

蜡状芽孢杆菌

Streptomyces noursei

诺氏链霉菌

Rhodococcus agglutinans

红球菌凝集素

Bacillus sp.

芽孢杆菌属

Streptomyces yunnanensis

云南链霉菌

Raoultella ornithinolytica

解鸟氨酸拉乌尔菌

Bacillus thuringiensis

苏云金

芽孢杆菌

Burkholderia sp.

伯克霍尔德菌

Sinomonas atrocyanea

萎缩性华单胞菌

Bifidobacterium pseudolongum

假长双歧杆菌

Lactobacillus kefiri

凯菲里乳杆菌

Sphingobacterium detergens

鞘氨醇菌清洁剂

Citrobacter freundii

弗氏

柠檬酸杆菌



Sphingobacterium mizutaii
水鞘氨醇杆菌
Comamonas sp.
Comamonas属


分析示例


细菌基因组测序.png



项目经验

可实现质粒基因组,

BAC(细菌人工染色体)测序及

完成图组装注释。


定制化分析服务

古天乐太阳娱乐集团tyc493可以为客户提供1V1

个性化分析定制服务。

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部分太阳娱乐集团tyc493客户文章


发表时间

文章标题

杂志名

影响因子

合作单位

2023

Bacterial volatile organic compounds attenuate pathogen virulence via evolutionary trade-offs

ISME

11.217

南京农业大学

2023

Association between Intestinal Colonization and Extraintestinal Infection with Carbapenem-Resistant Klebsiella pneumoniae in Children

Microbiology Spectrum

9.043

上海交通大学医学院附属儿童医院

2023

Characterization of polyhydroxybutyrate (PHB) synthesized by newly isolated rare actinomycetes Aquabacterium sp. A7-Y

International Journal of Biological Macromolecules

8.025

南京工业大学

2023

Quinolinic acid catabolism is initiated by a novel four-component hydroxylase QuiA in Alcaligenes faecalis JQ191

Environmental Research

6.498

南京农业大学

2022

Genome mining-guided activation of two silenced tandem genes in Raoultella ornithinolytica XF201 for complete biodegradation of phthalate acid esters

Science of the Total Environment

10.753

暨南大学

2022

Reductions in bacterial viability stimulate the production of Extra-intestinal Pathogenic Escherichia coli (ExPEC) cytoplasm-carrying Extracellular Vesicles (EVs)

PLOS Pathogens

7.464

南京农业大学

2022

Genomic Investigation of Proteus mirabilis Isolates Recovered From Pig Farms in Zhejiang Province, China

Frontiers in Microbiology

6.064

华南农业大学

2022

Conjugation of plasmid harboring blaNDM-1 in a clinical Providencia rettgeri strain through the formation of a fusion plasmid

Frontiers in Microbiology

6.064

山东大学

2022

Characterization of metabolite, genome and volatile organic compound changes provides insights into the spoilage and cold adaptive markers of Acinetobacter johnsonii XY27

LWT

6.056

上海水产品加工保存工程研究中心

2021

A novel ATP dependent dimethylsulfoniopropionate lyase in bacteria that releases dimethyl sulfide and acryloyl-CoA

Elife

8.146

中国海洋大学

2021

The Second Chromosome Promotes the Adaptation of the Genus   Flammeovirga   to Complex Environments

Microbiol Spectr

7.171

山东大学

2021

Increasing prevalence of hypervirulent ST5 methicillin susceptible Staphylococcus aureus subtype poses a serious clinical threat

Emerging Microbes & Infections

7.163

上海交通大学附属仁济医院

2021

Regulation of bla system in ST59-related oxacillin-susceptible mecA-positive Staphylococcus aureus

Journal of Antimicrobial Chemotherapy

5.79

上海交通大学附属仁济医院

2021

Identification and Heterologous Expression of the Kendomycin B Biosynthetic Gene Cluster from   Verrucosispora   sp. SCSIO 07399

Mar Drugs

5.118

中国科学院