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产品介绍


全长转录组,是基于三代测序平台,无需打断拼接,直接获得包含5’3’UTRpolyA尾的完整转录本,从而准确分析有参考基因组物种可变剪接及融合基因等结构信息,克服无参考基因组物种转录本拼接较短、信息不完整的难题。同时还可以借助二代测序数据,进行转录本特异性表达分析,获得更加全面的注释信息。

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Sequel 测序原理

全长有参转录组:对于有参考基因组的物种,利用三代全长转录组测序获得的信息是生物体内直接存在的,比基于参考基因组预测到的转录组信息更准确,同时也可准确鉴定基因的可变剪接、融合基因、基因家族和非编码RNA等信息。同时基于全长转录组数据,可以优化基因结构,进而辅助基因组组装和注释。

全长无参转录组:由于基因组测序成本高,缺乏基因组参考信息在很大程度上限制了对物种的深入研究。通过三代全长转录组测序来构建物种Unigene库,无需进行序列组装,就可以获得该物种转录组水平的全长转录本信息,更准确的进行CDSSSR分析,为后续研究提供良好的遗传信息基础。



技术流程


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分析流程

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   三代全长有参转录组       



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   三代全长无参转录组   



技术优势

  • 无需进行转录本的拼接便可以直接获得全长转录本序列,能够更真实地反映测序物种的转录组信息;

  • 通过检测多种可变剪接形式,可发现更多的剪接位点和可变剪接事件;

  • 能够发现新的功能基因,补充基因组注释;

  • 有助于融合基因、同源基因、超家族基因或等位基因的精确分析。


送样标准


样品类型

RNA、组织样;

样品浓度

RNA浓度≥ 50 ng/ul

样品体积

> 10 ul

样品总量

总RNA用量> 10 ug

样品纯度

OD260/280≥1.8OD260/230≥1.0260nm处有正常峰值;

RNA完整性

RNARIN≥8.0;图谱基线无上抬;5S峰正常。



分析示例


全长转录组(有参_无参)测序.png



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发表时间

文章标题

杂志名

影响因子

合作单位

2022

Full-Length Transcriptome Characterization and Comparative Analysis of Chosenia arbutifolia

Forests

2.633

江苏省林业科学院

2022

Combined Illumina and Pacbio sequencing technology on transcriptome analysis reveals several key regulations during the early development of American shad (Alosa sapidissima)

Aquaculture Reports

3.216

南京农业大学